Thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ là quy trình hải quan đặc thù cho hàng hóa giao nhận tại Việt Nam theo chỉ định thương nhân nước ngoài, quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP. Luật Mai Sơn tư vấn minh bạch – trọn gói – đúng luật.
1. Bản Chất Của Thủ Tục Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ Là Gì? Chuyên Gia Phân Tích Cơ Sở Pháp Lý Cốt Lõi 2026
Thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ là hoạt động giao nhận hàng hóa trực tiếp giữa các doanh nghiệp tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, chịu sự giám sát chặt chẽ của cơ quan Hải quan căn cứ theo Luật Hải quan và Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) và Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP, Nghị định 18/2021/NĐ-CP) ban hành ngày 05/03/2026.
Dưới góc độ pháp lý và thực tiễn thương mại quốc tế, hình thức này mang lại lợi ích kép cho cả bên bán và bên mua. Thay vì phải xuất khẩu hàng hóa ra khỏi biên giới Việt Nam rồi đối tác lại nhập khẩu ngược trở lại, hàng hóa được giao nhận ngay trên lãnh thổ Việt Nam. Điều này giúp các pháp nhân cắt giảm triệt để chi phí logistics, phí lưu kho bãi và giảm thiểu rủi ro hư hỏng hàng hóa trong quá trình vận chuyển đường dài. Tuy nhiên, do bản chất vẫn là một giao dịch ngoại thương có yếu tố nước ngoài (thanh toán quốc tế), các bên bắt buộc phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về quản lý thuế và khai báo hải quan.
Căn cứ vào dữ liệu cập nhật mới nhất từ Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) và Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP, Nghị định 18/2021/NĐ-CP) quy định về chính sách thuế và quản lý thuế, kết hợp với Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp thực hiện giao dịch này phải nắm rõ nguyên tắc không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng miễn thuế hoặc có mức thuế suất 0%. Đồng thời, theo kinh nghiệm xử lý hơn 1.000 vụ việc của Luật Mai Sơn, việc xác định đúng địa điểm nộp hồ sơ khai thuế và thời hạn nộp là yếu tố sống còn để tránh bị phạt vi phạm hành chính.
| Tiêu chí đối chiếu | Xuất nhập khẩu tại chỗ | Xuất nhập khẩu truyền thống |
|---|---|---|
| Lộ trình di chuyển vật lý | Giao nhận trực tiếp trong nội địa Việt Nam | Vượt qua biên giới quốc gia (Cảng biển/Sân bay) |
| Thời gian thông quan trung bình | 01 – 03 ngày làm việc | 07 – 15 ngày làm việc |
| Nghĩa vụ Thuế GTGT (VAT) | Phải nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu (8% hoặc 10%) | Thuế suất 0% đối với hàng xuất khẩu thực tế |
| Cơ quan giám sát trực tiếp | Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đóng trụ sở | Chi cục Hải quan cửa khẩu, cảng biển quốc tế |
Bên cạnh đó, đối với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), cần đặc biệt lưu ý đến Nghị định 31/2021/NĐ-CP. Theo đó, nhà đầu tư nước ngoài không được thực hiện quyền phân phối đối với các hàng hóa thuộc Danh mục hạn chế, ngay cả khi áp dụng hình thức giao nhận tại chỗ. Sự phức tạp của hệ thống văn bản pháp luật đòi hỏi doanh nghiệp phải có sự tư vấn chuyên sâu từ các chuyên gia pháp lý để thiết lập hợp đồng mua bán, gia công một cách chặt chẽ nhất.
2. Trình Tự Thực Hiện Thủ Tục Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ: Bản Đồ Hành Trình Khai Báo Hải Quan Xuyên Suốt
Trình tự thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ bao gồm việc khai báo tờ khai điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS, xuất trình hàng hóa tại Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đóng trụ sở và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế GTGT, thuế nhập khẩu trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan.
Để đảm bảo hàng hóa được lưu thông hợp pháp và không bị ách tắc tại khâu kiểm duyệt, các doanh nghiệp cần phối hợp nhịp nhàng giữa bên xuất khẩu và bên nhập khẩu. Tại Luật Mai Sơn, chúng tôi tư vấn cho khách hàng áp dụng quy trình chuẩn hóa gồm 04 bước cốt lõi dưới đây, giúp tối ưu hóa thời gian và loại bỏ hoàn toàn các sai sót về mặt chứng từ.
Bước 1: Chuẩn bị bộ chứng từ thương mại và hải quan
Bộ hồ sơ hợp lệ để mở tờ khai bao gồm Hợp đồng mua bán có chỉ định giao hàng tại Việt Nam, Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), Phiếu đóng gói (Packing List) và Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O). Thời gian chuẩn bị chứng từ mất khoảng 01 ngày làm việc.
Giai đoạn này đóng vai trò nền tảng quyết định tốc độ thông quan. Doanh nghiệp xuất khẩu phải lập Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu (Mẫu số 01) ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) của Bộ Tài chính. Điểm mấu chốt là trên hợp đồng mua bán quốc tế hoặc hợp đồng gia công phải có điều khoản ghi rõ tên, địa chỉ, mã số thuế của doanh nghiệp nhận hàng tại Việt Nam. Nếu thiếu điều khoản chỉ định giao hàng này, cơ quan Hải quan sẽ lập tức từ chối tiếp nhận hồ sơ vì không đủ căn cứ xác định bản chất giao dịch tại chỗ. Ngoài ra, các chứng từ như hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn xuất khẩu phải được xuất đúng thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa.
Bước 2: Doanh nghiệp xuất khẩu khai báo và truyền tờ khai
Doanh nghiệp xuất khẩu tiến hành truyền dữ liệu tờ khai điện tử lên hệ thống hải quan, điền đầy đủ mã loại hình xuất khẩu tương ứng và ghi rõ mã số thuế của doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ vào ô ghi chú. Hệ thống sẽ trả về kết quả phân luồng trong vòng 15 phút.
Sau khi truyền tờ khai thành công, doanh nghiệp xuất khẩu sẽ nhận được số tờ khai và kết quả phân luồng (Xanh, Vàng hoặc Đỏ). Đối với luồng Xanh, tờ khai được thông quan tự động. Đối với luồng Vàng, chuyên viên hải quan sẽ kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy. Đối với luồng Đỏ, hàng hóa phải được kiểm tra thực tế. Sau khi hoàn tất khâu kiểm tra và tờ khai xuất khẩu được thông quan, doanh nghiệp xuất khẩu phải in tờ khai, ký đóng dấu và chuyển giao ngay cho doanh nghiệp nhập khẩu để họ có căn cứ làm thủ tục đối ứng. Việc chậm trễ trong khâu chuyển giao tờ khai sẽ làm gián đoạn toàn bộ chuỗi cung ứng nội địa.
Bước 3: Doanh nghiệp nhập khẩu mở tờ khai đối ứng
Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày tờ khai xuất khẩu được thông quan, doanh nghiệp nhập khẩu phải mở tờ khai nhập khẩu tại chỗ, điền chính xác số tờ khai xuất khẩu đối ứng vào ô quản lý nội bộ để hệ thống tự động liên kết dữ liệu.
Đây là bước đòi hỏi sự cẩn trọng tuyệt đối về mặt số liệu. Doanh nghiệp nhập khẩu sử dụng Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu (Mẫu số 02) để khai báo. Mọi thông tin về tên hàng, số lượng, đơn giá, mã HS code phải khớp 100% với tờ khai xuất khẩu trước đó. Nếu có bất kỳ sự sai lệch nào, hệ thống VNACCS sẽ báo lỗi và từ chối cấp số tờ khai. Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu sẽ căn cứ vào hồ sơ đối ứng này để tính toán các loại thuế phải nộp. Doanh nghiệp nhập khẩu cũng cần chuẩn bị sẵn sàng kho bãi để tiếp nhận hàng hóa ngay khi thủ tục hoàn tất, tránh phát sinh chi phí lưu kho không đáng có.
Bước 4: Hoàn thành nghĩa vụ thuế và hạch toán kế toán
Doanh nghiệp nhập khẩu thực hiện nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT (nếu có) thông qua cổng thanh toán điện tử 24/7. Sau khi tiền thuế nổi trên hệ thống, hải quan sẽ quyết định thông quan hàng hóa, kết thúc quy trình mất khoảng 02 giờ làm việc.
Căn cứ theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế khai thuế thông qua giao dịch điện tử trong ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ mà cổng thông tin gặp sự cố, doanh nghiệp được phép nộp trong ngày tiếp theo mà không bị tính tiền chậm nộp. Về mặt hạch toán, theo Thông tư 200/2014/TT-BTC, khi xác định thuế GTGT hàng nhập khẩu phải nộp, kế toán ghi Nợ TK 133 (Thuế GTGT được khấu trừ) và Có TK 33312 (Thuế GTGT hàng nhập khẩu). Khi thực nộp, ghi Nợ TK 33312 và Có TK 111, 112. Việc hạch toán chính xác các bút toán này là cơ sở pháp lý vững chắc để doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn thuế sau này.
3. Bí Quyết Tối Ưu Hóa Hồ Sơ Khi Làm Thủ Tục Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ Từ Chuyên Gia Hải Quan
Bí quyết tối ưu hóa hồ sơ khi làm thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ đòi hỏi doanh nghiệp phải đối chiếu khớp mã HS code, đảm bảo tính đồng nhất giữa hợp đồng gia công và hóa đơn thương mại để tránh bị cơ quan hải quan ấn định thuế oan sai.
Trong bối cảnh cơ quan Hải quan ngày càng siết chặt công tác hậu kiểm, việc chỉ hoàn thành thủ tục thông quan trên hệ thống là chưa đủ. Các doanh nghiệp cần xây dựng một cơ chế lưu trữ và đối soát chứng từ nội bộ cực kỳ khắt khe. Theo Luật sư Vũ Hoàng Long, một trong những rủi ro lớn nhất nằm ở việc quản lý định mức nguyên vật liệu đối với các doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu.
Theo dữ liệu thanh tra năm 2025, 68% doanh nghiệp bị truy thu thuế do không giải trình được nguyên nhân chênh lệch dương nguyên vật liệu nhập khẩu. Nếu doanh nghiệp không chủ động kê khai, nộp thuế hoặc tái xuất phần dư thừa khi kết thúc hợp đồng gia công, cơ quan hải quan sẽ lập tức ấn định thuế và phạt vi phạm hành chính với mức phạt rất nặng.
— Luật sư Vũ Hoàng Long, Giám đốc Công ty Luật TNHH Mai Sơn
Căn cứ vào quy định hiện hành, trường hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu chênh lệch dương (nhiều hơn so với báo cáo) nhưng vẫn được doanh nghiệp sử dụng đúng mục đích gia công, sản xuất xuất khẩu thì cơ quan hải quan không thực hiện ấn định thuế. Tuy nhiên, nếu tại thời điểm hết hạn hợp đồng gia công mà doanh nghiệp không tái xuất hoặc không tự giác kê khai nộp thuế đối với phần chênh lệch này, hậu quả pháp lý sẽ rất nghiêm trọng. Do đó, Đội ngũ chuyên viên pháp lý Luật Mai Sơn khuyến nghị các kế toán trưởng và nhân viên xuất nhập khẩu phải thực hiện kiểm kê kho định kỳ hàng tháng, đối chiếu sát sao giữa số liệu trên tờ khai, số liệu kế toán và tồn kho thực tế.
4. Cảnh Báo Những Sai Lầm Trầm Trọng Khi Kê Khai Thủ Tục Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ Doanh Nghiệp Cần Tránh
Sai lầm trầm trọng nhất khi kê khai thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ là doanh nghiệp hạch toán sai tỷ giá ngoại tệ và bỏ sót việc kê khai phần nguyên liệu chênh lệch dương, dẫn đến nguy cơ bị Tổng cục Hải quan phạt vi phạm hành chính và truy thu thuế.
Nhiều doanh nghiệp lầm tưởng rằng vì hàng hóa không thực sự rời khỏi lãnh thổ Việt Nam nên các quy định kiểm tra sẽ lỏng lẻo hơn. Đây là một tư duy pháp lý hết sức sai lầm. Dưới đây là những cạm bẫy kinh điển mà các doanh nghiệp thường xuyên mắc phải, được tổng hợp từ thực tiễn tranh tụng và tư vấn của chúng tôi:
⚠ 03 Lỗ Hổng Pháp Lý Gây Thiệt Hại Tài Chính Nặng Nề
- Mở tờ khai quá thời hạn quy định: Luật Hải quan quy định rõ thời hạn tối đa để doanh nghiệp nhập khẩu mở tờ khai đối ứng là 15 ngày kể từ ngày tờ khai xuất khẩu được thông quan. Rất nhiều trường hợp bên mua quên mở tờ khai, dẫn đến việc tờ khai xuất khẩu bị treo, bên bán không thể hoàn thuế GTGT và cả hai bên đều bị phạt vi phạm hành chính từ 2.000.000 VNĐ đến 5.000.000 VNĐ.
- Áp sai mã HS Code nhằm trốn thuế: Việc cố tình khai báo sai mã HS để hưởng mức thuế suất nhập khẩu thấp hơn là hành vi gian lận thương mại. Khi bị phát hiện qua công tác kiểm tra sau thông quan, doanh nghiệp không chỉ bị truy thu đủ số tiền thuế thiếu mà còn bị phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế gian lận, thậm chí bị đình chỉ hoạt động xuất nhập khẩu.
- Hàng hóa bị kê biên nhưng không nộp thuế: Theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP, hàng hóa nhập khẩu chưa hoàn thành thủ tục hải quan nếu bị kê biên để bán đấu giá theo quyết định của Tòa án vẫn thuộc đối tượng phải nộp thuế. Cơ quan hải quan sẽ ấn định thuế và thông báo cho tổ chức thu tiền bán đấu giá để trích nộp ngân sách Nhà nước. Doanh nghiệp không thể trốn tránh nghĩa vụ này.
💡 Giải Pháp Phòng Ngừa Rủi Ro Toàn Diện Cho Doanh Nghiệp
Để bảo vệ tối đa quyền lợi tài chính, doanh nghiệp nên đưa điều khoản Trách nhiệm mở tờ khai hải quan và nộp phạt vào hợp đồng mua bán hoặc hợp đồng gia công. Cụ thể, quy định rõ bên nào chậm trễ trong việc cung cấp chứng từ hoặc mở tờ khai đối ứng sẽ phải bồi thường toàn bộ thiệt hại phát sinh (bao gồm tiền phạt của hải quan và chi phí cơ hội do chậm hoàn thuế). Đồng thời, việc sử dụng dịch vụ tư vấn thường xuyên của Luật Mai Sơn sẽ giúp Quý khách thiết lập hàng rào pháp lý vững chắc trước mọi đợt thanh tra, kiểm tra.
5. Giải Đáp FAQ Chuyên Sâu Cùng Luật Sư Vũ Hoàng Long
Giải đáp các thắc mắc về thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ giúp doanh nghiệp tháo gỡ vướng mắc liên quan đến chính sách thuế, quy định kê khai hải quan điện tử và cách xử lý khi tờ khai bị phân luồng đỏ trong thực tiễn áp dụng năm 2026.
1. Công ty tôi ở Đồng Nai, bán hàng cho đối tác Mỹ nhưng họ chỉ định giao hàng cho một nhà máy ở Bình Dương, vậy tôi phải mở tờ khai thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ ở đâu?
Theo quy định của Tổng cục Hải quan, công ty bạn (bên xuất khẩu) có thể linh hoạt lựa chọn mở tờ khai xuất khẩu tại Chi cục Hải quan nơi công ty bạn đóng trụ sở (Đồng Nai) hoặc Chi cục Hải quan nơi nhà máy nhận hàng đóng trụ sở (Bình Dương). Tuy nhiên, để thuận tiện cho việc kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu bị phân luồng đỏ) và tiết kiệm chi phí đi lại, chúng tôi khuyên bạn nên mở tờ khai tại Chi cục Hải quan quản lý địa bàn Bình Dương nơi hàng hóa thực tế được giao nhận.
2. Chúng tôi nhập nguyên liệu về gia công nhưng cuối kỳ kiểm kê thấy dư ra một lượng lớn (chênh lệch dương), liệu có bị hải quan phạt thuế không?
Căn cứ theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP, nếu số nguyên liệu chênh lệch dương này vẫn được công ty bạn tiếp tục sử dụng đúng mục đích gia công, sản xuất xuất khẩu thì cơ quan hải quan sẽ không thực hiện ấn định thuế. Tuy nhiên, nếu đã hết thời hạn hợp đồng gia công mà công ty không tái xuất hoặc không tự kê khai nộp thuế cho phần dư thừa này, cơ quan hải quan sẽ tiến hành ấn định thuế và xử phạt vi phạm hành chính. Bạn cần báo cáo ngay tình trạng này trên hệ thống quyết toán.
3. Hôm qua là hạn chót nộp hồ sơ khai thuế nhập khẩu nhưng hệ thống mạng của cơ quan thuế bị sập, công ty tôi nộp trễ sang hôm nay thì có bị tính tiền chậm nộp không?
Bạn hoàn toàn yên tâm. Căn cứ Khoản 7 Điều 8 Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành, trường hợp người nộp thuế khai thuế thông qua giao dịch điện tử trong ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ mà cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế gặp sự cố, bạn được quyền nộp hồ sơ và chứng từ nộp thuế điện tử trong ngày tiếp theo sau khi cổng thông tin hoạt động trở lại mà không bị tính tiền chậm nộp hay phạt vi phạm.
4. Doanh nghiệp FDI có được thực hiện quyền phân phối hàng hóa khi làm thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ không?
Căn cứ theo Nghị định 31/2021/NĐ-CP hướng dẫn Luật Đầu tư, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) chỉ được thực hiện quyền xuất khẩu, nhập khẩu và phân phối đối với các hàng hóa không nằm trong Danh mục hàng hóa nhà đầu tư nước ngoài không được thực hiện quyền phân phối. Nếu mặt hàng giao dịch tại chỗ thuộc danh mục cấm hoặc hạn chế, doanh nghiệp FDI tuyệt đối không được phép thực hiện, nếu cố tình vi phạm sẽ bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
5. Cách hạch toán thuế GTGT hàng nhập khẩu tại chỗ theo Thông tư 200 được quy định như thế nào?
Theo hướng dẫn tại Thông tư 200/2014/TT-BTC, khi xác định số thuế GTGT hàng nhập khẩu phải nộp (nếu hàng hóa dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT), kế toán ghi: Nợ TK 1331 (Thuế GTGT được khấu trừ) và Có TK 33312 (Thuế GTGT hàng nhập khẩu). Khi doanh nghiệp tiến hành nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước, kế toán tiếp tục ghi bút toán: Nợ TK 33312 và Có TK 111, 112 (Tiền mặt hoặc Tiền gửi ngân hàng). Việc hạch toán chuẩn xác là điều kiện bắt buộc để được khấu trừ thuế.
Việc tuân thủ đúng và đầy đủ các quy định về thủ tục hải quan không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các khoản phạt nặng nề mà còn đẩy nhanh tốc độ quay vòng vốn. Luật Mai Sơn tự hào là điểm tựa pháp lý vững chắc, sẵn sàng đồng hành cùng Quý khách hàng tháo gỡ mọi rào cản pháp lý, tối ưu hóa quy trình giao thương và bảo vệ tối đa lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.
6. Tài liệu tham khảo
- Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) và Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP, Nghị định 18/2021/NĐ-CP) — ban hành 24/3/2026, hiệu lực 01/01/2026.
- Nghị định 126/2020/NĐ-CP — ban hành 19/10/2020, hiệu lực 05/12/2020.
- Thông tư 200/2014/TT-BTC — ban hành 22/12/2014, hiệu lực Năm tài chính 2015.
Lưu ý: Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo tại thời điểm đăng tải và có thể thay đổi theo quy định của pháp luật hiện hành. Để được tư vấn chính xác cho trường hợp cụ thể, Quý khách vui lòng liên hệ trực tiếp với Luật sư của chúng tôi. Chúng tôi cam kết bảo mật thông tin và chi phí minh bạch, không phát sinh.
